DNA erime tahmin yazılımının karşılaştırılması - Comparison of DNA melting prediction software - Wikipedia

Bu DNA erime tahmin yazılımının karşılaştırılması DNA'yı tahmin etmek için kaynak kodu ve web tabanlı yazılım içerir erime ve yapı.[1]

Yazılım türleri, yöntemleri, kullanılabilirliği vb.

İsimBağlantılarAyırt edici özelliklerYöntemDilSıra sınırıAyrılma
DNA erimesi[2]kaynak koduİstatistik mechMATLAB1 Mb[3]?
MeltSim 1.0[4]kaynak koduGUI için pencerelerİstatistik mechPascal Delphi2 Mb?
MeltSim 1.99[4]kaynak koduCLIİstatistik mechC?
Polonya sunucusuWeb sunucusuİstatistik mechF771 kbEvet
Stitchprofiles.uio.noWeb sunucusuİstatistik mechPerl, gnuplot480 kbHayır
uMeltWeb sunucusuİstatistik mechAdobe Flex3500 b?
WebSIDDWeb sunucusuİstatistik mechC ++10 kb?
OligoCalcWeb sunucusu
OligoAnalyzer 3.1Web sunucusu

NN = Kullanılan yöntemler en yakın komşu termodinamik parametreler tahmin etmek için oligonükleotid erime sıcaklıkları (Tm), erime eğrileri, DSC eğrileri veya bundan türetilen diğer özellikler kitle eylem yasası.

İstatistik mech = İstatistiksel mekanik Ara alt geçişler ile eritme süreçlerini tahmin etmek için daha uzun DNA moleküllerine uygulanan yöntemler. erime profilleri temel alınarak hesaplanır. bölüm fonksiyonları bu kısmen erimiş DNA konfigürasyonlarını açıklar.

Desteklenen giriş özellikleri

İsimNA türleriKonsantrasyonTermodinamik
parametreleri
Diğer girdi
Lin DNACirc DNARNALNA[Na +][Mg ++]Strand kons.
DNA erimesiEvetHayırHayırHayır????
GeneFizzEvetHayırHayırHayırHayırHayırHayırHayırEMBL / Genbank dosyası
MeltSimEvetHayırHayırHayırEvetHayırHayırEvet
Polonya sunucusuEvetHayırEvetHayırHayırHayırEvetEvetuyumsuzluklar
Stitchprofiles.uio.noEvetHayırHayırHayırEvetHayırHayırEvethelisiteler
uMeltEvetHayırHayırHayırEvetEvetHayırEvet
WebSIDDEvetEvetHayırHayırHayırHayırHayırHayırStres seviyesi

Desteklenen çıktı özellikleri

İsimErime eğrileriOlasılık
fonksiyonlar
Kontur çizgileri
(erime haritası)
Diğer çıktı
Θ (T)dΘ / dTbp50%Diğer %
DNA erimesi??Evet??
GeneFizzHayırHayırEvetHayırHayırCDS, gen, mRNA görüntüler
MeltSim?EvetEvetEvetHayır
Polonya sunucusu?EvetEvetEvetHayırjel hareketliliği
Stitchprofiles.uio.noEvetHayırEvetEvetEvetdikiş profilleri, FF parametreleri
uMeltEvetEvetHayırEvetHayırdinamik erime profili
WebSIDDHayırHayırEvetHayırHayırG (x), B-Z olasılıkları, # açık bp, # açık bölgeler, minimum E

Referanslar ve Notlar

  1. ^ Not: Bu karşılaştırmaya dahil olmayan yazılımlar RNA yapısı tahmini, analizi DNA mikrodizi termodinamik, nükleik asit tasarımı (Örneğin., astar tasarım) ve atomistik seviye DNA simülasyonları.
  2. ^ Michoel, T; Van de Peer, Y (2006). "Homojen olmayan DNA erimesi için sarmal transfer matrisi modeli" (PDF). Fiziksel İnceleme E. 73 (1 Pt 1): 011908. doi:10.1103 / PhysRevE.73.011908. PMID  16486186. S2CID  13395867.
  3. ^ 1Mb'den büyük diziler için bir pencereleme yaklaşımı kullanılır
  4. ^ a b Blake, RD; Bizzaro, JW; Blake, JD; Gün, GR; Delcourt, SG; Knowles, J; Marx, KA; SantaLucia, J Jr (1999). "MELTSIM ile polimerik DNA erimesinin istatistiksel mekanik simülasyonu". Biyoinformatik. 15 (5): 370–5. doi:10.1093 / biyoinformatik / 15.5.370. PMID  10366657.

Dış bağlantılar