Uluslararası Protein Endeksi - International Protein Index
Uluslararası Protein Endeksi (IPI) geçersizdir protein veri tabanı tarafından 2001 yılında başlatıldı Avrupa Biyoinformatik Enstitüsü (EBI) ve 2011'de kapandı. Amacı, proteomik sağlayan bir kaynağa sahip topluluk
- erişim numaraları çeşitli biyoinformatik haritalanacak veritabanları
- bir tür için eksiksiz bir protein seti, yani bir referans seti
IPI, son versiyonunda altı hayvan türü için eksiksiz referans setlerini içeriyordu: Homo sapiens (insan), Mus musculus (fare), Rattus norvegicus (sıçan), Bos taurus (sığırlar), Gallus gallus (tavuk) ve Danio rerio (zebra balığı); ve bir bitki türü: Arabidopsis thaliana (thale tere). İnsan, fare ve sıçan veri kümeleri, ilk geliştirilenlerdi ve İsviçre-Prot, TREMBL, Topluluk ve RefSeq veritabanları.[1]
Tarih
2001 yılında, IPI piyasaya sürüldüğünde, insan genlerini kataloglayan veritabanları büyük ölçüde farklılık gösteriyordu ve aralarında çok az bağlantı vardı. O zamandan beri, daha eksiksiz bir resim sağlayan çok daha fazla veri üretildi ve veri tabanları verileri senkronize etmek için işbirliği yaptı. Şu anda birçok model organizma, kataloglanmış bir referans gen / protein setine sahiptir. Topluluk /UniProt sırasıyla ve diğer türlere özgü veritabanları. Bu fazlalık nedeniyle, IPI 2011 yılında kullanımdan kaldırılmıştır. EBI, hizmetlerinin kullanıcılarına UniProtKB protein tanımlayıcıları olarak erişim numaraları.