Metascape - Metascape

Metascape Biyoinformatik Kaynakları
Orijinal yazar (lar)Metascape Ekibi
Geliştirici (ler)Yingyao Zhou, Bin Zhou, Lars Pache, Max Chang, Christopher Benner, Sumit Chanda
Kararlı sürüm
3.5 / 1 Mart 2019; 21 ay önce (2019-03-01)
TürBiyoinformatik
LisansÜcretsiz
İnternet sitesiMetascape.org

Metascape biyologların bir veya birden fazla gen listesini anlamlandırmasına yardımcı olan ücretsiz bir gen açıklama ve analiz kaynağıdır. Metascape, bir grup ortogonal hedef keşif çalışmaları içindeki ortak veya benzersiz yolları ve protein ağlarını anlamak için otomatik meta analiz araçları sağlar.

Tarih

"OMIC'ler" çağında, bir gen listesine biyolojik içgörü kazandırmak önemlidir. Bu amaç için bir dizi biyoinformatik kaynak bulunmasına rağmen, örneğin DAVID hepsi ücretsiz değil, kullanımı kolay ve bakımlı değiller. Ortogonal ancak birbirini tamamlayan "OMIC" çalışmalarından kaynaklanan çok sayıda gen listesini analiz etmek için araçlar çoğu zaman birçok biyoloğun ulaşamayacağı hesaplama becerileri gerektirir. Metascape bloguna göre[1], bu zorluğun üstesinden gelmek için kendi kendine organize olan bir bilim insanı ekibi. Ekip, Yingyao Zhou, Bin Zhou, Lars Pache, Max Chang, Christopher Benner ve Sumit Chanda'nın yanı sıra çekirdek üyelerden oluşmaktadır. diğer katılımcılar zaman aşırı. Metascape ilk olarak beta sürümü olarak 8 Ekim 2015'te yayınlandı. İlk Metascape uygulaması 9 Aralık 2015'te yayınlandı.[2] Metascape o zamandan beri birden fazla sürümden geçti. Şu anda anahtar model organizmaları, yol zenginleştirme analizini, protein-protein etkileşim ağını ve bileşen analizini, sonuçların yayına hazır web raporu olarak otomatik sunumunu, Excel ve PowerPoint sunumlarını desteklemektedir.

"Metascape, sistem düzeyinde veri kümelerinin analizi için biyolog odaklı bir kaynak sağlar" başlıklı makale 3 Nisan 2019'da Nature Communications'da yayınlandı.[3]

Analiz iş akışı

Metascape bir CAME analizi iş akışı uygular:

  • Dönüştürme: Popüler türlerden gen tanımlayıcılarını dönüştürün (örneğin Sembol, RefSeq, Topluluk, UniProt, UCSC ) insana Entrez gen kimlikleri ve tersi.
  • Ek açıklama: Protein aileleri, transmembran / salgılanan tahminler, hastalık dernekleri, bileşik dernekleri vb. Dahil olmak üzere düzinelerce işlevle ilgili gen açıklamasından alıntı yapın.
  • Üyelik: Gen üyeliklerini, seçilen ontolojiler içindeki özel bir anahtar kelime aramasına göre işaretleyin, örneğin, bilinen "istila" genlerini vurgulayın.
  • Zenginleştirme: Zenginleştirilmiş biyolojik temaları, özellikle GO şartları, KEGG, Reaktom, BioCarta ve toplanan diğer yollar ve veri kümelerinin yanı sıra MSigDB, vb. Ayrıca, zenginleştirilmiş ontoloji terimleri, daha kolay yorumlama için fazlalığı azaltmak üzere otomatik olarak kümelenir. Protein-protein etkileşim ağları temel alınarak kurulur BioGRID OmniPath, InWeb_IM ve yoğun bileşenler tanımlanır ve biyolojik olarak yorumlanır.

Metascape, 40'tan fazla biyoinformatik bilgi tabanını, deneysel biyologların birden çok gen listesini yorumlanabilir sonuçlara dönüştürmek için tek tıklamayla Hızlı Analiz özelliğini kullanabilecekleri kesintisiz bir kullanıcı arayüzüne entegre etti.

Analiz raporu

Tüm analiz sonuçları, aşağıdakileri içeren bir web raporunda sunulur: Excel açıklama ve zenginleştirme sayfaları, Priz slaytlar ve özel analiz dosyaları (ör. .cys dosyası, Cytoscape, .svg sıralama Circos ) daha fazla çevrimdışı analiz veya işleme için.

Metascape'in göze çarpan bir gücü, görselleştirme yeteneğidir. Metascape, Ekim 2020 itibariyle yayınlanan 1.300 çalışmanın yorumlanmasına yardımcı oldu [4], bunların 2 / 3'ü Metascape tarafından hazırlanan grafik veya paftalardan yararlandı.

Referanslar

  1. ^ http://metascape.org/blog/?p=78
  2. ^ Tripathi S; et al. (2015). "İnfluenza OMICs verilerinin meta ve ortogonal entegrasyonu, virüs tomurcuklanmasında UBR4 için bir rolü tanımlar". Hücre Konakçı Mikrop. 18 (6): 723–735. doi:10.1016 / j.chom.2015.11.002. PMC  4829074. PMID  26651948.
  3. ^ Zhou, Yingyao; Zhou, Bin; Pache, Lars; Chang, Max; Khodabakhshi, Alireza Hacı; Tanaseichuk, Olga; Benner, Christopher; Chanda, Sumit K. (3 Nisan 2019). "Metascape, sistem düzeyindeki veri kümelerinin analizi için biyolog odaklı bir kaynak sağlar". Doğa İletişimi. 10 (1): 1523. doi:10.1038 / s41467-019-09234-6. PMC  6447622. PMID  30944313.
  4. ^ http://metascape.org/gp/index.html#/citations/

Dış bağlantılar