Protein ayırıcı transpeptidaz - Protein-sorting transpeptidase - Wikipedia

Bir protein ayırıcı transpeptidaz bir enzim, gibi sıralamak SrtA[1] nın-nin Staphylococcus aureus özel bir yolun parçası olarak aynı hücre tarafından üretilen bir veya daha fazla hedef proteini parçalayan protein hedefleme. Tipik prokaryotik protein sınıflandırma transpeptidaz, bir proteaz ancak bir peptit bağını basitçe hidrolize etmez. Bunun yerine, bölünmüş polipeptidin daha büyük, N-terminal kısmı, başka bir moleküle aktarılır. peptidoglikan hücre duvarı Gram pozitif bakteriler.

Dönem sıralamak grubu için uygun şekilde ayrılmıştır sistein proteaz enzimler sıralama A, sıralama B ve tümü homolojiyi paylaşan ek sınıfların üyeleri. Bununla birlikte, prokaryotlarda, sınıflandırmak için herhangi bir homolojisi olmayan ve ayrı ayrı ortaya çıkmış gibi görünen enzimlerin sınıflandırılmasını içeren, artan sayıda ek protein sınıflandırma sistemleri tanımlanmıştır. yakınsak evrim. Sortazlar, protein sınıflandırma transpeptidazlarının en iyi tarif edilen üyeleri olmasına rağmen, analog enzimler üzerinde çalışın. arkeosortaz[2], eşkenar dörtgen[3]ve Tip IX PorU enzimi salgı sistemleri (T9SS)[4] birikiyor.

ayırma enzimimekanizmaaynı kökenli ayırma sinyali
sıralama Asistein proteazLPXTG
sıralama Bsistein proteazNPQTN
arkeosortaz Asistein proteazPGF-CTERM
ekzosortaz Asistein proteazPEP-CTERM
eşkenar dörtgenserin proteazGlyGly-CTERM
PorU olduğu gibi Porphyromonas gingivalisserin proteazT9SS C-terminal beta-sandviç alanı

Referanslar

  1. ^ Zong Y, Bice TW, Ton-That H, Schneewind O, Narayana SV (2004). "Staphylococcus aureus sortase A'nın kristal yapıları ve substrat kompleksi". J Biol Kimya. 279 (30): 31383–9. doi:10.1074 / jbc.M401374200. PMID  15117963.
  2. ^ Abdul Halim MF, Rodriguez R, Stoltzfus JD, Duggin IG, Pohlschroder M (2018). "Korunan kalıntılar, Haloferax volcanii arkeosortaz katalitik aktivitesi için kritik öneme sahiptir: Arkea ve bakterilerden homolog olmayan türlerin katalitik mekanizmalarının yakınsak evrimine ilişkin çıkarımlar". Mol Microbiol. 108 (3): 276–287. doi:10.1111 / mmi.13935. PMID  29465796.
  3. ^ Gadwal S, Johnson TL, Remmer H, Sandkvist M (2018). "Vibrio cholerae'de rhombosortaz ile protein içeren GlyGly-CTERM'in C terminali işlenmesi". PLoS Pathog. 14 (10): e1007341. doi:10.1371 / journal.ppat.1007341. PMC  6219818. PMID  30352106.
  4. ^ de Diego I, Ksiazek M, Mizgalska D, Koneru L, Golik P, Szmigielski B, vd. (2016). "Porphyromonas gingivalis tip IX sekresyon sisteminin (T9SS) dış zar dışa aktarım sinyali, korunmuş bir C-terminal β-sandviç alanıdır". Sci Rep. 6: 23123. doi:10.1038 / srep23123. PMC  4804311. PMID  27005013.